بنای دانشکده علوم پایه دانشگاه مراغه به تأسیس گروه ریاضی کاربردی و راه اندازی رشته ریاضی کاربردی در سال ۱۳۸۵ بر می گردد و در سال های ۱۳۸۶ و ۱۳۸۷ گروه های آموزشی شیمی و زیست شناسی سلولی و مولکولی راه اندازی شدند. این دانشکده مدتی خارج از سایت اصلی دانشگاه و در خیابان معلم شمالی مراغه قرار داشت که با تکمیل ساختمان آن در سال ۱۳۹۰ به سایت اصلی دانشگاه منتقل گردید. هم اینک این دانشکده با بیش از 20 رشته و گرایش در مقاطع تحصیلی دکتری، کارشناسی ارشد و کارشناسی به انجام فعالیت های آموزشی و پژوهشی مشغول است.